Kaiju olarak bilinen yaratıkların kol gezdiği bir dünyada Kafka Hibino, Savunma Gücü'ne katılmayı arzuluyordu. Çocukluk arkadaşı Mina Ashiro'yla birlikte askere yazılacağına söz verir. Çok geçmeden hayat onları farklı yollara götürür. Kafka, Kaiju savaşlarından sonra temizlik yaparken Reno Ichikawa ile tanışır. Reno'nun Savunma Gücü'ne katılma kararlılığı, Kafka'nın Mina'ya katılma ve insanlığı koruma sözünü yeniden uyandırır.